Perwakilan BKKBN Daerah Istimewa Yogyakarta merupakan salah satu Kantor Perwakilan BKKBN yang berada di level provinsi. Perwakilan BKKBN DIY dipimpin oleh Kepala Perwakilan sebagai Pejabat Tinggi Pratama. Dibawah Kepala Perwakilan, pejabat struktural dijabat oleh Sekretaris sedangkan 5 (lima) bidang lainnya dikoordinasikan oleh Pejabat Fungsional Ahli Madya sebagai Koordinator Bidang.
Struktur Perwakilan BKKBN DIY terdiri dari enam Bidang yaitu :
1. Sekretariat
2. Bidang Pengendalian Penduduk
3. Bidang Keluarga Berencana dan Kesehatan Reproduksi
4. Bidang Keluarga Sejahtera dan Pembangunan Keluarga
5. Bidang Advokasi Penggerakan dan Informasi
6. Bidang Pelatihan dan Pengembangan
I. SEKRETARIAT
Sekretariat terdiri dari lima kasubag yaitu :
1. Subbag Umum dan Humas
2. Subbag Kepegawaian dan Hukum
3. Subbag Perencanaan
4. Subbag Keuangan dan BMN
5. Subbag Pengawasan
II. BIDANG PENGENDALIAN PENDUDUK
1. Subbid Kerjasama Pendidikan Kependudukan
2. Subbid Penetapan Parameter Kependudukan
3. Subbid Analisis Dampak Kependudukan
III. BIDANG KELUARGA BERENCANA DAN KESEHATAN REPRODUKSI
1. Subbid Bina Kesertaan KB Jalur Pemerintah dan Swasta
2. Subbid Bina Kesertaan KB Jalur Wilayah dan Sasaran Khusus
3. Subbid Kesehatan Reproduksi
IV. BIDANG KELUARGA SEJAHTERA DAN PEMBERDAYAAN KELUARGA
1. Subbid Bina Keluarga Balita, Anak dan Ketahanan Keluarga Lansia
2. Subbid Bina Ketahanan Remaja
3. Subbid Pemberdayaan Ekonomi Keluarga
V. BIDANG ADVOKASI PENGGERAKAN DAN INFORMASI
1. Subbid Advokasi dan KIE
2. Subbid Hubungan Antar Lembaga dan Lini Lapangan
3. Subbid Data dan Informasi
VI. BIDANG PELATIHAN DAN PENGEMBANGAN
1. Subbid Tata Operasional
2. Subbid Program dan Kerjasama
3. Subbid Penyelenggaraan dan Evaluasi